По факту решать заметно дороже, чем заранее, это первое. Отсутствие проверок за шесть лет ничего не говорит о состоянии дел, оно говорит только о графике надзорного органа и о том, что вы пока не попали в план. У пищевых производств чаще всего находят проблемы с учётом образования отходов, с отчётностью и с площадками накопления, набор довольно предсказуемый. Посмотрите разбор, где штрафы за обращение с отходами разложены по составам, его выкладывали в ARR GROUP, там видно, за что именно привлекают. Аудит перед проверкой обычно окупается одним закрытым нарушением. У них, кстати, первичная проверка применимых требований бесплатная, начать можно с неё.